Moson királyi határvármegye már az 1000 körüli első évtizedben ispáni székhellyé válhatott. Vezetői a kezdeti időkben a nyugatról kiköltözött Győr nemzetségbeli nagybirtokoson voltak.

A mindenkori király által kinevezett várispánok sorában kiemelkedik a lébényi apátsági templomot építtető Poth nádor. A mosoni vár elpusztulásáig további 22 várispán követte egymást. II. Ottókár mosoni rombolásai után királyaink már meg sem kísérelték visszaépíteni Moson várát, helyette inkább az óvári vár kiépítését szorgalmazták.
Az 1300-as évek elejétől beköszöntő és csaknem egy évszázadig tartó Anjou-aranykorban a vármegye központja I. Nagy Lajos király édesanyjának, a lengyel származású Lokietek Erzsébet anyakirálynőnek tulajdonába került. Erzsébet az 1354-ben adott kiváltságokkal Óvárt a királynéi városok rangjára emelte.
A vármegye különféle nagycsaládok, grófok magántulajdonába került, majd az 1500 körüli években került vissza királyi tulajdonba. Mohács szomorú emlékű királya, II. Lajos még ez év decemberében feleségének, Habsburg Máriának adományozta. Az ekkor birtokba került Habsburg-ház – az egyik főhercegi ágon – 400 éven keresztül, egésze 1945-ig volt tulajdonosa Moson vármegye jó részének.
A mosoni ispáni vár elpusztítása nem jelentette a királyi joghatóság megszűnését is. A király által kinevezett ispánok továbbra is voltak, bár ezek nem Mosonban tartózkodtak. Egy 1345-ös oklevél alapján nem állíthatjuk, hogy a megye székhelye Óvár lett. A megyei közgyűléseket csak 1354 óta tartották meg, akkor azonban már Magyar-Óváron.
Magyarország világi és egyházi beosztásnak (a közigazgatásnak) az Árpád-korban létrejött alapvonalai a XIV. századra gyökeres átalakuláson mentek keresztül. A „modern”, nemesi vármegyék szervezete és önkormányzati rendszere ugyan már a XIV-XV. századokban kialakult, de mivel Moson megyében csak elvétve volt nemes, a nemesi vármegye is később jött létre. A birtokok a főrangú családok (Habsburgok, az Eszterházyak és a Zichyek) tulajdonában voltak.

A nemesi vármegye közigazgatása

Főként a környező megyékből házasság vagy birtokvásárlás révén beköltözött nemesség működtette a vármegye közigazgatássát. A Pozsony és Sopron megyei tanultabb nemesi ifjakat szinte csalogatta Moson megyébe az érvényesülési lehetőség. A nemesi vármegyeszervezet Moson megyében a megyegyűlések formájában már a XVII. században is működött, azonban székhelye még a XVIII. században sem volt. A megyegyűléseket részben Magyar-Óváron, részben pedig a megye mezővárosaiban (Nezsideren és Rajkán) és a nagyobb községeiben tartották.
Moson vármegyében 10-12 bizottság volt. A vármegye területén az alábbi hivatalok és hatóságok működtek: Főispáni hivatal, Alispáni hivatal, Árvaszéki hivatal, Államépítészeti hivatal, Vármegyei főügyészség, Vármegyei számvevőség, Vármegyei gazdasági felügyelőség, Törvényhatósági főállatorvos, Vármegyei tiszti főorvos, Vármegyei főlevéltáros, Tanfelügyelő valamint a Magyaróvári, Rajkai és Nezsideri főszolgabíróság.

A szabadságharc után

Az 1848. évi XVI. tc. alapján a nemesi vármegye megszüntetésre került, polgári átalakulás kezdődött. Az 1860. december 6-án kiadott Októberi Diploma visszaállítja a vármegyei önállóságot. Az 1870. évi 42. tc. alapján visszaállítják az 1847 előtti közállapotot. Legfontosabb bizottság a Törvényhatósági Bizottság (Közgyűlés) lesz, melynek tagjai fele-fele részben választottak és virilisták (kb. 120-600 fő a megyében).  Elnöke a főispán, akit a kormány nevezett ki. Évente legalább két közgyűlést tartottak. Az előkészítésben részt vett az alispán elnökletével működő Állandó Választmány, mint végrehajtó bizottság.
A vármegyéhez 1884-ben csatolták hozzá Dunakilitit, Püskit, Kisbodakot, Dunaremetét, Lipótot, Darnót és Zselit. Területe 1989 km2 volt, de ebből 30 %-ot (57.417 ha) tett ki a művelés alá nem vont rét-, legelő-, nádas- és erdőterület.
A vármegye 1884-ben új közigazgatási felosztást kapott, három (Magyar-óvári, Nezsideri és Rajkai) járásra osztották.
A történelmi Moson vármegyét az 1921. július 26-án életbe lépett trianoni békeszerződés szüntette meg, és Magyarország határát Ausztriával a következőképpen állapították meg:
A Mosonszolnok – Pusztasomorja vonaltól nyugatra eső 188.859 kat. hold területen ekkor 35764 német, 6.930 magyar és 5.189 horvát anyanyelvű lakos élt. A megye 57 községéből 26-ot csatoltak a később Burgenland elnevezést kapott területéhez.
Mosonvármegye Törvényhatósági Bizottsága az 1923. évi tc. és ennek végrehajtása tárgyában kibocsájtott 187706/1923. B. M. számú rendelet folytán 1923. december 20-án tartotta meg utolsó – rendkívüli – közgyűlését. Az utolsó főispán Dr. Darányi Kálmán volt.
A békeszerződés szerint így megcsonkított vármegyék egyesítése hamarosan megtörtént, az új elnevezés Győr-Moson-Pozsony Közigazgatásilag Egyelőre Egyesített Vármegyék lett.
A II. világháborút lezáró, 1947. február 10-én aláírt párizsi békeszerződés ebből a csonka-vármegyéből további, mintegy 78 km2 –nyi területet, benne Horvátjárfalu, Oroszvár és Dunacsuny községeket Csehszlovákiának juttatta.
Ezúton is köszönöm Thullner István történész, ny. tanár segítségnyújtását a cikk elkészítésében, melynek tényadatait az ő többéves kutatómunkájának eredményéből merítettem.